“大凤”号飞行甲板低，烟囱采取何种样式，一开始便成了一个棘手的难题。从前，日本航空母舰的烟囱由舰舷向测方伸出，并向下弯曲，效果倒也不错。不足之处是，一旦遭受损伤，舰体倾斜时，对舰十分不利。“大凤”号飞行甲板位置低，安装烟囱的甲板位置也低。在如此低的甲板上，若依然是过去的那种弯曲状大烟囱，对舰体的稳性就更加不利。因此，决定放弃横斜弯曲状处囱，而采取直立式烟囱。但是，这一点在技术证论会上遇到了麻烦。日海军一贯重视夜战，航母也不例外，兵舰载机要适应夜战的需要，政要尽可能减少飞行甲板上的突出物，而在立式烟囱是一个明显的障碍物。此外，这种烟囱的徘烟也影响飞机的起降活动。改装成直立大烟囱一事虽受到强烈反对，最后还是保持航母稳性的幸见占了上风，结果直立式烟囱定了下来，并使其与舰桥一体化。
“大风”号的舰桥不是设置在飞行甲板航测线以外，而是偏内侧一点，在右舷测中部稍靠前的地方，以利保持稳性。为保证排出的浓烟不致对后部飞行甲板造成严重不良影响，设计研究部门制作了一个百分之一的模型，进行了风洞试验。试验证明，在舰桥、烟囱一体化后，沙囱需从其垂直面向外倾斜26”，高出飞行甲板17米。这样，烟囱排出的浓烟才不会影响后部飞行甲板上的作业。“大凤”号舰桥内部的配置情况，从飞行甲板平面起向上依次是，飞行甲板平面上有方位测定室，飞行员待机室，气象室；下部舰桥甲板平面上有司令官、参谋长、舰长和航海长休息室，方位测定室，报务室；上都舰桥甲板上有操舵室，第一防御指挥所，作战室兼海图室，方位测定室，报务室；罗经舰桥甲板平面上有传今所，探照灯指挥所，舰载机起降指挥所；防空指挥所设置在最上部的甲板上。
